Надзор за точным и неуклонным исполнением законов таможенными органами осуществляет прокуратура. Полномочия прокурора зависят от вида деятельности таможенных органов и определяются действующим законодательством.Судебный контроль, как правило, осуществляется при рассмотрении жалоб на незаконные действия и решения таможенных органов и их должностных лиц.Общее руководство и контроль со стороны государства таможенных органов осуществляют Президент и Правительство РФ.Ведомственный контроль осуществляется подразделениями вышестоящих таможенных органов, которые проводят периодическую проверку соответствующих нижестоящих подразделений. Служба безопасности таможенных органов выявляет из числа сотрудников этих органов лиц, совершающих должностные преступления.