Рассматривая систему управления качеством окружающей среды, необходимо принимать во внимание деятельность не только Госкомэкологии России, но и других ведомств природноресурсного блока, поскольку многие экологические проблемы возникают на стадиях добычи, эксплуатации и переработки природных ресурсов. В целом, система централизованного ведомственного управлений охраной окружающей среды и природопользованием требует существенной модернизации, реструктуризации для того, чтобы обеспечивать устойчивое, т. е. экономически эффективное и экологически безопасное природопользование. До настоящего времени не решены вопросы обоснованного, эффективного разграничения полномочий между Федерацией, субъектами Российской Федерации и муниципалитетами. Заключенные соглашения о разграничении полномочий в сфере природопользования и охраны окружающей среды носят, в значительной степени, рамочный характер. Нуждается в уточнении и детализации распределение функций между специально уполномоченными в сфере природопользования и охраны окружающей среды органами власти каждого уровня. Это относится к вопросам учета и экономической оценки природных ресурсов, установления лимитов использования природных ресурсов и воздействия на окружающую среду, системы платежей, лицензирования природопользования, экологического контроля, мониторинга и экспертизы, экологического образования и др. Недостаточная эффективность управления в сфере охраны окружающей среды и природопользования объясняется также проблемами информационного обеспечения процесса принятия решений.