В ходе войны между большевиками и их противниками Алаш-Орда потеряла контроль над большей частью территории КЗа. Отказ колчаковцев предоставить казахам автономию, с одной стороны, и формальный призыв большевиков к самоопределению народов с другой привел в 1918-19 гг. к кризису Алаш-Орды и гибели автономии Алаш. Кризис Алаш-Орды. Поддержав весной-летом 1918 года антибольшевистскую коалицию, Алаш-Орда начала формировать собственные вооруженные силы, вступившие в борьбу с Красной Армией. С уральским казачеством было заключено соглашение о содействии в вооружении и обучении алашских полков. Особенно активное участие в гражданской войне приняли формирования Восточной части Алаш-Орды, полки которой включались в состав армии Анненкова и других соединений белогвардейцев. Однако политические разногласия привели к отходу части лидеров Алаш-Орды от оппозиционной коалиции. Этому способствовало и «великодержавное» отношение белогвардейцев к казахскому населению, особенно со стороны казачества. Население казахских волостей насильно мобилизовывалось на хозяйственные работы, у них реквизировался -скот, нередки были случаи грабежа, насилий и убийства, оправдываемых сложностями военного времени. Разочарованный в своих союзниках лидер Тургайского филиала Алаш-Орды- А. Байтурсынов в марте 1919 года начал переговоры с Москвой о признании Советской власти. Алашские полки, действовавшие в районе Торгая вошли в состав Красной армии .В конце марта 1919 года в Жымпиты, ставку Западного отделения Алаш-Орды был направлен К. Татибаев для проведения секретных переговоров Ж. Досмухаммедулы, в результате которых Алаш-Орда заняла позицию нейтралитета, значительно ослабив позиции антибольшевистских сил во время весеннего наступления Колчака. Летом переговоры возобновились, но окончательный переход на сторону Советской: власти осуществился только в начале зимы. Член Казахского революционного комитета Б. Каратай обратился к лидерам Западной группы с письмом о мирных предложениях правительства РСФСР, и совещание руководителей Алаш-Орды 10 декабря 1919 года в Кызыл-Куге приняло постановление о переходе на сторону Советов и начале боевых действий против :белогвардейцев. 27 декабря алашские полки под красным знаменами атаковали штаб Илецкого корпуса в районе Кызыл-Куги и пленили более 500 человек, в т. ч. и командира корпуса генерала Акутина. Западное отделение Алаш-Орды было реорганизовано в Кызыл-Кугинский ревком, а ее военные формирования были направлены в район эмбинских нефтеразработок для борьбы с частями генерала Толстого. Заявили о своем признании Советской власти и руководители Восточного отделения во главе с А. Бокейханом. Несмотря на объявленную в ноябре 1919 года амнистию всем политическим противникам, признавшим Советскую власть до 20 декабря 1919 года, отношения- новых союзников были непростыми. В начале 1920 года в Семипалатинске был арестован А. Бокейхан и ряд других активных деятелей Алаш-Орды по обвинению в сотрудничестве с белогвардейцами и только вмешательство Казревкома и Семипалатинского ревкома, указавшего, что алашординцы участвовали в подготовке ангиколчаковского восстания в конце войны, заставили военные власти освободить их от ареста. Все активные участники антисоветского движения были отстранены от участия в политической жизни, а лидеры Западного отделения Жаханша Досмухамедулы, Халел Досмухамедулы, Иса Кошкинбайулы, Карим Жалелулы и Беркингали Атшыбайулы были высланы за пределы КЗа. Алаш-Орда была ликвидирована, и вся полнота власти на территории КЗа перешла в руки территориальных революционных комитетов (ревкома). Основными причинами кризиса и ликвидации Алаш-Орды стали непринятие идей автономизации России ее союзниками по антибольшевистской коалиции с одной стороны, и обещание предоставить казахам широчайшие политические права вплоть до самоопределения со стороны советских властей. В условиях гражданской войны, развала экономики и отсутствия связи между отделениями Алаш-Орды ее лидерам не оставалось ничего другого, как перейти на сторону Советов.