На рубеже XII-XIII вв. в монгольском обществе шел процесс становления феодальных отношений. Оно разделилось на два класса: нойонов и угнетенных аратов. В начале XIII в. образовалось Монгольское феодальное государство, политически объединившее татаро-монгольские племена. Основателем этого государства был Темучин. Он родился в 1155 г. в семье богатого нойона, умер в 1227 г. В 1203 г. Темучин разгромил ханство племен кереитов. Часть кереитов ушла на запад в Восточный Казахстан. В ожесточенных стычках Темучин сломил сопротивление найманских племен. Часть найманов во главе с ханом Кучлуком ушла в Семиречье. В результате этих и других удачных набегов на соседние племена Темучин снискал себе славу отважного воина. Разгромив главных своих противников, Темучин завершил объединение под своей властью почти всех племен Монголии. Весной 1206 г. у истоков реки Онон состоялся курултай Монгольской знати-сторонников Темучина, на котором он торжественно был провозглашен повелителем монголов под именем Чингисхан. Вся территория и население делились на 3 военно - административных округа: правое крыло (барунгар), левое крыло (джунгар) и Центр (гол). Военно-административная система, созданная Чингисханом, сыграла важную роль и в завоевательных походах. Зимой 1207-1208 гг. старший сын Чингисхана Жошы подчинил енисейских кыргызов и прочие «лесные народы» юга Сибири. В 1207-1209 гг. войска Чингисхана, совершая опустошительные набеги, подчинили себе уйгуров, проживавших на территории современного Восточного Туркестана. В 1211 Чингисхан с большим войском совершил поход в Северный Китай, захватил Бейпин (Пекин) и другие города. В этих и в дальнейших походах Чингисхан всегда придерживался кровавой тактики истребления людей, уничтожения городов, поселений, земледельческих оазисов. Вслед за походом в Китай Чингис-хан долго и тщательно готовился к походу на территорию Казахстана и Средней Азии. От мусульманских купцов и перебежчиков, находившихся на службе у монголов, были получены сведения о военных силах государства Каракытаев, затем - хорезмшаха и на их основе был разработан продуманный план действий. В 1218 г. монгольские отряды вступили на территорию Семиречья в пределы владения найманского предводителя Кучлука, который, не дав монголам ни одного сражения, бежал. Местное население ненавидело Кучлука и его окружение за высокие налоги и за введение ограничений для лиц мусульманского вероисповедания (запрещено публичное богослужение для мусульман). Поэтому многие феодалы изъявили покорность Чингисхану и пошли к нему на службу вместе со своими войсками. Баласагун, еще ранее (1125 г.) разрушенный каракытаями, не смог оказать сопротивления и сдался без боя. С захватом Восточного Туркестана и Семиречья путь монголам в Южный Казахстан и Среднюю Азию был открыт. Поводом для вторжения явилась так называемая «Отрарская катастрофа». Чингисхан летом 1218 г. с целью, главным образом, военной разведки, отправляет в Среднюю Азию караван, состоящий из 500 верблюдов, в составе каравана с монголами-лазутчиками было 450 человек. По пути караван остановился в Отраре. Правитель Отрара Кайырхан Инальчик заподозрил купцов в шпионаже, после чего приказал убить их и разграбить караван. Это послужило поводом к войне Чингисхана против Хорезма, но истинной причиной конечно, была захватническая политика монголов. Осенью 1219 г. Чингисхан во главе огромной армии в 120-150 тыс. человек двинулся через Семиречье к Мавераннахру, направив первые удары против присырдарьинских городов. В Семиречье к Чингисхану присоединился со своими отрядами правитель города Бешбалыка и крупный феодал Сугнак - тегин из Алмалыка. В свите Чингисхана находился также эмир г. Койлыка. В сентябре 1219 г. Чингисхан подошел к Отрару и начал осаду. При подходе к Отрару предводитель монголов разделил свои силы. Несколько туменов во главе с Чагатаем и Угэдэем он оставил для осады Отрара; другую часть под командой Жошы отправил вниз по Сырдарье; третий отряд был назначен для покорения городов по верхнему течению Сырдарьи; сам Чингисхан и его младший сын Тулуй с главными силами пошли на Бухару. У хорезмшаха Мухаммада - правителя государства Хорезм, не было плана ведения войны, к тому же он оказался нерешительным, не доверял своим военачальникам, обрек свои войска на пассивную оборону. Война выявила внутреннюю слабость государства Хорезмшаха. Активно боролись против Чингисхана народные массы, стойко и мужественно защищали свои земли, не желая быть рабами завоевателя. Правитель Отрара Кайырхан защищался отчаянно, до последней возможности. Под его началом было только 20 тыс. воинов, а хорезмшах Мухаммаддал ему 10 тыс. воинов во главе с Караджа-хадживом. Осада Отрара продолжалась почти пять месяцев. И лишь когда Караджа-хаджив пал духом и, покинув город через ворота «Суфи-хане», сдался со своим отрядом монголам, последние через эти ворота ворвались в город. Караджа-хаджив был казнен. Однако Отрар еще продолжалупорно защищаться. Каирхан с отрядами воинов, «подобных львам», укрепился в цитадели, для взятия которой монголам понадобился еще месяц. Когда все защитники крепости полегли, она была взята в феврале 1220 г. Кайрхан был схвачен и доставлен Чингисхану, который подверг его жестокой казни. Сровняв стены Отрарской крепости с землей, монгольские отряды Чагатая и Угэдэя присоединились к Чингисхану, когда тот находился в пути между Бухарой и Самаркандом. Еще до взятия Отрара старший сын Чингисхана Жошы с несколькими туменами направился для захвата городов Саурана, Дженда, Барчылыгкента. Стойкое сопротивление монгольским завоевателям оказало население крупнейших городов Средней Азии - Бухары и Самарканда. Лишь в результате предательства правителей города Самарканд был взят монголами. Захват городов сопровождался страшными зверствами завоевателей. К маю 1220 г. армия Чингисхана захватила почти всю территорию Средней Азии до Амударьи. В результате зимней компании 1220-1221 гг. был завоеван Хорезм, а весной 1221 г. война перенеслась на территорию Хорасана, Афганистана и северной Индии. В 1225 г. Чингисхан возвратился в Монголию. Таким образом, в результате нашествия монголов, Казахстан и Средняя Азия вошли в состав империи Чингисхана. В 1227 г. Чингисхан умер.