Бюджетная система РФ отличается концентрацией финансовых ресурсов на федеральном уровне при постоянном дефиците средств субфедеральных бюджетов.
Так как в последние годы наблюдалось сокращение доходов местных бюджетов, то произошло это в связи с принятием части II Налогового кодекса РФ (НК РФ), который отменил основной для муниципалитетов местный налог на содержание жилого фонда и объектов социально-культурной сферы, ввел плоскую шкалу подоходного налога, централизовал в федеральном бюджете весь НДС, отменил налог с продаж. Одновременно Бюджетный кодекс РФ (БК РФ) определил принцип самостоятельности бюджетов, а также принцип их сбалансированности, т. е. предусмотренные в бюджете минимально необходимые расходы должны обеспечиваться доходами, а при допустимом законодательством дефиците следует иметь источник его покрытия. Органы местного самоуправления в сложившихся условиях были поставлены в полную зависимость от решений федеральных и региональных органов власти и отчислений от налогов, дотаций и субвенций, которые они получают сверху. Местные налоги и сборы должны были стать основой самостоятельности местных бюджетов. В местные бюджеты были переданы наиболее трудоемкие (по сбору) и малопроизводительные (по доходности) налоги. Значительные изменения произошли и в расходной части территориальных бюджетов. Общегосударственные расходы на социально-культурные мероприятия финансируются за счет территориальных бюджетов на 82 %, из них региональных – на 25 %, местных – 57 %.
В устранении диспропорций бюджетной системы, имеющих место на субфедеральном и местном уровнях, важную роль призвана сыграть проводимая в последние годы реформа межбюджетных отношений.
С 2005 г. основные новации вводимой системы межбюджетных отношений состоят в следующем:
1) в соответствии с реформой местного самоуправления вводятся два уровня (типа) местных бюджетов, т. е. бюджетная система РФ становится четырехуровневой;
2) вводятся четкие правила разграничения расходных обязательств по уровням бюджетной системы РФ;
3) предусматривается определенное расширение налоговой автономии субнациональных властей;
4) устанавливается закрепление нормативов отчислений от федеральных налогов в бюджеты субъектов РФ Бюджетным кодексом РФ, а не ежегодными законами о бюджете;
5) вводятся новые формы и принципы распределения межбюджетных трансфертов;
6) законодательно устанавливаются единые принципы построения межбюджетных отношений в субъектах РФ при обеспечении самостоятельности региональных властей в их конкретной реализации.