Существуют следующие сферы государственного управления в области использования и охраны водных объектов:
1) водохозяйственные балансы – расчетные материалы, которые сопоставляют потребность в воде с имеющимися на конкретной территории водными ресурсами;
2) схемы комплексного использования и охраны водных ресурсов – систематизированные материалы исследований и проектных разработок о состоянии водных ресурсов и перспективном использовании и охране водных объектов;
3) федеральные программы по использованию, восстановлению и охране водных объектов;
4) государственный мониторинг водных объектов – система регулярных наблюдений за гидрологическими или гидрогеологическими и гидрогеохимическими показателями их состояния, обеспечивающая сбор, передачу и обработку полученной информации в целях своевременного выявления негативных процессов, прогнозирования их развития, предотвращения вредных последствий и определения степени эффективности осуществляемых водоохранных мероприятий;
5) государственный учет поверхностных и подземных вод – систематическое определение и фиксация в установленном порядке количества и качества водных ресурсов, имеющихся на данной территории;
6) Государственный водный кадастр – свод данных о водных объектах, об их ресурсах, использовании водных объектов, о водопользователях, основа для принятия решений при осуществлении государственного управления в области использования и охраны водных объектов;
7) государственная экспертиза предпроектной и проектной документации на строительство и реконструкцию хозяйственных и других объектов, влияющих на состояние водных объектов, – проверка ее соответствия исходным данным, техническим условиям и требованиям нормативной документации по проектированию и строительству;
8) государственный контроль за использованием и охраной водных объектов, который обеспечивает соблюдение следующих условий: порядка использования и охраны водных объектов; лимитов водопользования; стандартов, нормативов и правил в области использования и охраны водных объектов; режима использования территорий водоохранных зон; иных требований;
9) нормирование в области использования и охраны водных объектов: установление лимитов водопользования, разработка и принятие стандартов, нормативов и правил в области использования и охраны водных объектов;
10) лицензирование в области использования и охраны водных объектов;
11) государственное регулирование водохозяйственной деятельности. При осуществлении водохозяйственной деятельности водохозяйственные объекты могут быть переданы в хозяйственное ведение или оперативное управление государственным унитарным предприятиям.